Sepp Koller absolvierte sein Theologiestudium in Fribourg und in Rom. Er arbeitete zunächst ein Jahr in St.Gallen in der Pfarrei St. Otmar, bevor er nach Gossau zog, wo er fünf Jahre in der Andreas- und 15 Jahre in der Pauluspfarrei mitwirkte. Zudem war er Teamkoordinator der Seelsorgeeinheit Gossau. Seine neue Wirkungsstätte ist ihm nicht ganz unbekannt, übernahm er doch in den vergangenen Jahren immer wieder auch Stellvertretungen in der Spitalseelsorge des Kantonsspital St.Gallen.
Zum Seelsorgeteam am Kantonsspital St.Gallen mit den Standorten St.Gallen, Rorschach und Flawil gehören mehrere evangelische und katholische Theologinnen und Theologen mit einer Zusatzausbildung in Spitalseelsorge. Sie unterstützen und begleiten Patientinnen und Patienten, deren Angehörige, aber auch Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in der Bewältigung von Lebensfragen, Krankheit und Trauer.